祁门博物馆等建于1986年10月，是一座集库房、办公、展厅为一体三层综合性大楼，建筑面积970平方米，属综合性历史博物馆，1988年6月工程竣工并投入使用。1992年6月28日，祁门县编委（92）016号“关于成立祁门县博物馆的批复”正式下达，祁门县文物定理所也入此办公。1998年，因工作需要，祁门县博物馆与祁门县文物管理所合并，一个机构两块牌子，现有工作人员4名。为进一步满足文博事业发展的需要，博物馆新馆筹建工作已经启动，有望在年底动工。

祁门县博物馆成立以来，充分发挥本地优势，在省、市文化主管部门以及县委县政府、县文化部门的领导下，通过考古发掘，调查征集，民间收购、野外采集等数十年的努力，具备了一定的文物收藏规模。到目前为止各类藏品有9000余件（包括契约文书），内容涉及徽州契约文书、陶瓷、书画、书籍、铜器、砚台、印章、玉器、竹器、木器和近现代文物。其中尤以馆内特色文物——徽州契约文书最富特色，它记载和反映了明清至民国时期祁门人民的生产、生活中的各个方面，具有较强的地方历史文化特色，为研究徽州历史文化提供了宝贵的文学资料。地面不可移动文物资源丰富，有着大量的古民居、古戏台、古祠堂、古牌坊、古塔、古墓葬、古遗址、石碑刻等文物古迹，县境内共有各级文物保护单位30处（省级重点文物保护单位8处），其中“祁门古戏台群”项目正在申报国家级保护。

在做好馆藏文物征集、保管和不可移动文物保护管理工作的同时，本着“有效保护、合理利用、加强管理”的原则，还积极开展富有地方特色及教育意义的专题展览活动，成为祁门青少年爱国主义教育基地和研究徽州政治、经济、民俗文化的科研基地。先后成功举办了“台北故宫博物馆书画藏品展”、“祁门县馆藏书画展”、“祁门地方工业品展”、“祁门馆藏文物暨民间收藏展”、“祁门县馆藏书画展”，受到省内外有关专家及广大观众的一致好评。

目前，该馆全体工作人员正以积极的工作态度，在现在的基础上由综合性收藏向专业性收藏转化，并加强现代化管理，力争在全国占有一席之地。